العلاقة بین الحوزة العلمیة (مرکز الدراسات الإسلامیة الحرة) والجامعة دخلت فی إشکالیة فی عالمنا الإسلامی بعد أن دخل الغرب لعزل المؤسسة الدینیة عن المؤسسة الأکادیمیة وإضعاف المؤسسة الدینیة. تاریخ الحضارة الإسلامیة شهد ارتباطًا وثیقًا بین علوم الدین وعلوم الدنیا، أو بعبارة أخرى بین علوم الشریعة والعلوم التی ترتبط بالطب والهندسة والفلک و.. وکان هذا الارتباط یوجه العلوم الدنیویة لخدمة مصالح الإنسان، وإبعاد الأثار السلبیة التی یمکن أن تترتب على استخدام هذه العلوم. غیر أن سقوط العالم الإسلامی أمام الغزو العسکری والثقافی الغربی أدى إلى حالة التغریب، وما یستتبع هذه الحالة عادة من فساد وسقوط أخلاقی وابتذال. من المؤکد أن الإسلام دعا إلى الانفتاح على الثقافات الأخرى ولکن هذا الانفتاح له ضوابط من أهمها أن تتحلى الأمة بحصانة ثقافیة تمنعها من الهزیمة والذوبان فی الآخر. وهکذا الأمر فی علاقة المسلمین اقتصادیًا وسیاسیًا مع الآخر الغربی، لابد أن یحدث دون السماح للنفوذ الأجنبی أن یدخل إلى مواقع القرار السیاسی والاقتصادی للأمة.